Según consta en los archivos parroquiales, en el año 1885 el matrimonio Mena-Mira donó unos terrenos a la Parroquia de San Miguel para que se creara una escuela católica.
Este matrimonio era propietario de una parte de lo que hoy es la comuna de San Miguel. Don Gregorio Mena y doña Mercedes Mira donaron a Monseñor Miguel León Prado un terreno al lado de la primera parroquia creada en 1881 para que sirviera a la enseñanza de niños en las primeras letras. Luego el párroco implementó la escuela; con el correr del tiempo, fue tarea de los párrocos dirigir esta escuela particular.
En mayo del año 1957 la Congregación de Padres Carmelitas norteamericanos se hicieron cargo de la Parroquia, el Padre Pedro Gilmartin era el párroco, también se hicieron cargo del colegio, que en ese tiempo era construcción antigua, de adobe. Ellos comenzaron la edificación sólida actual a fines del año 1958, primero el Salón, taller, baños, y el primer pabellón.
El 17 de abril de 1959 fue contratado DON GUILLERMO VELIZ PEÑALOZA, oriundo de Iloca, pueblo de la provincia de Curicó. Se educó en su pueblito, de familia campesina, dedicado al trabajo del campo. En 1959 emigró a la capital, tomando un trabajo esporádico en la construcción de los Carmelitas.
El Padre Pedro conversó con este joven y lo contrató para las labores de cuidador. Junto a la comunidad, abrieron los cimientos y comenzaron la edificación; junto a ellos trabajó el empresario sanmiguelino Sr. Cunaco, dueño de la Panadería Cunaco ubicada en el paradero 3 de la Gran Avenida, junto a los obreros tomaron chuzos y palas, mezclaron cemento y terminaron el segundo pabellón dos meses antes de que se realizara el Mundial de Fútbol, en mayo de 1962. Atendía niños de Primero a Sexto de Preparatoria.
Estos sacerdotes, entre ellos hay que mencionar al Padre Santiago, al Padre Rex, al Padre Alberto (de nacionalidad canadiense), se caracterizaron por el servicio a la comuna de San Miguel, que en esos tiempos comprendía las actuales comunas de San Joaquín y la de Pedro Aguirre Cerda; campeonatos de baby-futbol atraían a la juventud del lugar a enfrentarse con el Club Carmelita; famosos eran los partidos de basketbol en el patio de la Virgen (en ese tiempo una cancha de juegos), entre los curas norteamericanos y los jóvenes misioneros mormones.
En el Salón parroquial dan sus primeros pasos jóvenes cantantes de la Nueva Ola, como los Carr Twins, y en el frontis del colegio,(sin rejas en ese tiempo), se proyectaba en pantallas colocadas en camiones de la Coca Cola, la vida de Cristo en un programa llamado "La Cruzada del Rosario" del Padre Peyton.
Por los años 1961, la congregación de monjas URSULINAS fue invitada a colaborar con la enseñanza de alumnos del sector. Directora fue la Madre María Jesús, una española muy dinámica y preocupada de servir, junto a ella se puede mencionar a otras Ursulinas que ayudaban en la enseñanza: la Madre Bernardita, Madre Isabel, Madre Benita, siendo la última Directora la Madre María Aguirre.
La insignia del Colegio en ese tiempo era como un escudo con un monte café como motivo central, (el Monte Carmelo) un cielo blanco donde destacaban tres estrellas, sobre todo ello la palabra COLEGIO y en la base del monte las palabras SAN MIGUEL.
El uniforme era pantalón corto para los varones y las damas falda tableada, usaban bicoca (como un gorra). Delantal blanco las niñas y overol (como buzo de mecánico) los varones. Para cuidar el piso de las salas, los alumnos debían proteger sus calzado con pantinas de género.
El pabellón A era de damas y el pabellón B para varones. A medida que se implementaba la Reforma educacional del gobierno del Presidente Eduardo Frei Montalva, hacia el año 1964, fueron ampliándose los cursos de ENSEÑANZA GENERAL BÁSICA que atendía el colegio.
Profesores de aquellos tiempos fueron:
- Lucía Marfull
- Hilda Muñoz
- María Cifuentes
En los años 70 se hizo cargo el párroco Padre Florentino Martínez al retirarse los carmelitas, y en el año 1973 se retiraron las Ursulinas y asumieron la dirección del colegio los laicos, en ese momento pasó a llamarse COLEGIOSAN MIGUEL, Escuela Particular N° 3, fue designado Director del Establecimiento el profesor de Matemáticas don CARLOS GORGERINO, como Orientador el profesor normalista don HUGO MORENO y don GUILLERMO BARAHONA el encargado de la Unidad Técnica. Ellos implementaron la ampliación de la enseñanza logrando los decretos y autorizaciones para impartir la Enseñanza Media.La primera promoción de enseñanza media egresó el año 1979.
La insignia del colegio era otra, un escudo con un campo blanco y letras rojas con las iniciales CSM, se usaba el uniforme reglamentario que determinaba el Ministerio de Educación: jumper azul y camisa blanca para las damas y pantalón plomo, camisa celeste y vestón color azul piedra, sin solapa para varones.
La enseñanza era mixta, cursos de hombres y mujeres juntos. La secretaria de ese tiempo, la Srta. María Cristina Vega Zarzola que participaba del Coro Sinfónico de Chile, elaboró el HIMNO DEL COLEGIO, vigente hasta hoy, pero en aquellos años era conocido por los alumnos y se cantaba en los actos cívicos.
Otra tradición de aquellos tiempos y que se dejó de lado era el DESFILE PARA EL ANIVERSARIO, con el estandarte representativo del Establecimiento al frente, a cargo de alumnos mayores, los cursos con sus respectivos Profesores-Jefes desfilaban al compás de marchas por la el patio- cancha ante todos los apoderados.Los Padres y Apoderados participaban en conjuntos folklóricos, teatro y bailes, preparados por ellos.
Profesores de aquellos tiempos fueron:
- María Rosa Vera
- Roberto Urtulla
- Silvio Salas
- Iván Pavéz
- Alejandro Olmos
- Adolfo Reyes
- Eliana Meza
- Carlos Pérez
- María Isabel Bravo
En el año 1978 se hace cargo de la dirección del Colegio la CONGREGACION MARIANISTA, siendo ALVARO LAPETRA párroco de San Miguel Arcángel, asumiendo también la dirección del Colegio.Posteriormente, los Marianistas designaron como rector al profesor de Estado en Castellano don JUAN MORALES PINOCHET. Ocupó el cargo desde 1978 hasta 1988.
En los años siguientes, junto al hermano marianista Francisco García Vinuesa se realizaron muchas JORNADAS DE ESCUELAS PARA PADRES, y JORNADAS DE LA COMUNIDAD EDUCATIVA, con participación de Profesores, Apoderados y Alumnos y en conjunto, se elaboró el PROYECTO EDUCATIVO del COLEGIO PARROQUIAL SAN MIGUEL, proyecto que fue la base para los otros colegios marianistas.
En el año 1985 se celebró el centenario de vida del establecimiento con una actividad llamada COLEGIOTÓN: con números artísticos presentados por todos los estamentos: Profesores, alumnos y Apoderados. Durante la semana de aniversario, en distintos rincones del Colegio y a diferente horario, las Alianzas de cursos hacían presentación de los números preparados con mucho ánimo y alegría.
Parte de la actividad fueron diferentes campañas solidarias, bailes, recolección de diarios viejos, reuniones, todo ello hacía viva la fraternidad.

Varios rectores han dejado su impronta en este glorioso Parroquial, como el padre JOSÉ MANUEL ZABALA, entre 1988 y 1992 y el profesor don HERNÁN CALDERÓN, entre 1992 y 1996, luego fue confirmado por los Marianistas otros 2 años, hasta 1998, volviendo al cargo don JUAN MORALES en 1998 hasta el 2008.

El actual Rector por un periodo de 4 años a contar del año 2009 es un ex - alumno de nuestro colegio, don RODRIGO URRUTIA STAGNO , quien nos acompañará en esta tarea de educar a los jóvenes del futuro.
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